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Projets de Recherche & Développement

publié le

I. Dans le domaine de l’éco-épidemiologie :

Ces études ont pour objectif de mieux comprendre les facteurs intervenant dans la transmission du parasite en zone urbanisée, mieux connaître le rôle des animaux domestiques dans le risque de transmission à l’homme et ainsi améliorer la prévention de la maladie

1/ Projet CECURE-ETEA « Contamination de l’environnement et circulation urbaine et rurale par Echinococcus multilocularis – Ecologie de la transmission de l’échinococcose alvéolaire », en collaboration avec le LNR et l’ELIZ (Entente de Lutte Interdépartementale contre les Zoonoses).
Ce projet dédié à l’étude de la distribution du parasite dans un gradient d’urbanisation, depuis des zones de basse endémie vers des zones de haute endémie chez l’animal sauvage et domestique, a été conduit de 2012 à 2015. Un total de 16 points d’observation ont été réalisés et plus de 1600 échantillons testés pour la présence du parasite ainsi que la confirmation de l’émetteur. (Knapp et al, en preparation).

2/ Projet Monizoo

3/ Genotypage des souches d’Em/base EWET

4/ Développement de nouvelles méthodes de génotypage d’E multilocularis
La comparaison d’E multilocularis des souches s’est beaucoup basée sur le microsatellite EmsB. Cependant ce marqueur hautement polymorphe ne permet pas de réaliser des études phylogénétiques. Le premier génome complet du parasite a été récemment publié (Tsai et al., 2010) et ouvre la voie au séquençage d’autres souches d’E. multilocularis. Les technologies associées au NGS, permettent désormais un séquençage massif des organismes. Dans ce contexte, le projet EurEchinoGenomic vise à réaliser le séquençage complet d’une collection de 50 vers adultes d’Echinococcus multilocularis, de différents pays en Europe (collection EurEchinoRisk), sur la base de leur profils microsatellite EmsB, et ainsi d’étudier la diversité génétique du parasite en prenant en compte son génome complet. Les résultats permettront ainsi de définir d’autres séquences cibles pour le développement de nouvelles méthodes de génotypage utilisable à grande échelle. Ce projet sera soumis au concours de l’institut France Génomique le 20 septembre 2016.

5/ Développement de nouveaux outils de typage d’E. granulosus sensu lato par microsatellites
Dans le cadre d’un travail collaboratif élaboré avec le LNR Echinococcus, la mise à disposition du génome complet d’Echinococcus granulosus nous a permis d’identifier une trentaine de microsatellites « candidats » présents dans celui-ci, puis à cibler 11 séquences microsatellites et dessiner les différents couples d’amorces nécessaires pour amplifier ces cibles. Grâce à un panel d’ADN d’Echinococcus granulosus (isolats animaux et humains), deux microsatellites ont été finalement sélectionnés et d’ores et déjà évalués en terme de performances, notamment de pouvoir discriminant (Umhang et al. soumis a Journal of Clinical Microbiology).

II. Dans le domaine du diagnostic biologique :

1/ Détection par ELISA d’anticorps dirigés contre des protéines marqueur de viabilité parasitaires
L’objectif est de mettre au point un test ELISA permettant d’optimiser le suivi thérapeutique par albendazole et d’aider à la décision d’arrêt du traitement chez certains patients. La première partie du travail, réalisée par différentes approches immuno-protéomiques, a permis d’identifier 9 protéines issues du fluide vésiculaires, présentant un intérêt pour le développement de biomarqueurs de suivi (Valot et al, Proteomics - Clinical Applications, in press). Le travail va se poursuivre par l’identification d’autres protéines impliquées dans les interactions hôte-parasite (protéines du fluides vésiculaires et protéines membranaires à différents stades de développement du parasite).

2/ Détection d’ADN parasitaire sur sang circulant
La recherche d’ADN du parasite circulant dans le sang du patient sera réalisée en premier lieu avec les outils récemment développés, basés sur la PCR temps réel ciblant un gène mitochondrial (Knapp et al., 2015, Knapp et al., 2016). En effet cette technique très sensible permet de détecter des quantités d’ADN très faibles. Cette technique pourra être affinée en développant des PCR détectant d’autres gènes cibles pour E. multilocularis et E. granulosus.

3/ Dosage mébendazole
L’objectif est de développer une méthode de dosage du mebendazole au sein de notre laboratoire afin de proposer aux patients et aux cliniciens le Suivi Thérapeutique Pharmacologique de cette molécule. Ce dosage est inexistant en France ; à notre connaissance il n’est réalisé qu’à Berne (Suisse) en Europe.

III. Dans le domaine thérapeutique :

1/ Mécanismes de tolérance dans l’échinococcose alvéolaire (voie PD1/PDL-1 - une cible thérapeutique innovante en parasitologie ?)
Les anticorps anti PD-1/PDL-1 sont utilisés avec succès en oncologie depuis quelques années. Des essais exploratoires, in vitro et in vivo, ont été démarrés au laboratoire dès début 2016 afin d’étudier l’implication de cette voie dans l’échinococcose alvéolaire et en particulier l’efficacité d’un traitement par anticorps anti PD-1/PDL1en complément de la prise en charge par albendazole. Les résultats préliminaires sont très encourageants

2/ Projet XUUB (Xining-Urumqi-Ulm-Besançon)
A notre initiative, les centres de référence de Xining (Qinghai), Urumqi (Xinjiang) en Chine, d’Ulm, en Allemagne et de Besançon se sont réunis à Xining les 27-29 Juin 2016 pour lancer un projet ambitieux d’évaluation des classifications d’imagerie, de comparaison des particularités de recrutement des patients en Chine et en Europe, et de mise en place d’une cohorte prospective commune de 600 patients qui bénéficieront d’un suivi pendant au moins 10 ans. Ce projet vise à harmoniser les pratiques de diagnostic et de soins et à lancer des études thérapeutiques prospectives.